PDFは、アートボード(ドキュメントサイズ)を基準に保存が行われます。

PDFを保存される前に、必ずデータの仕上がり位置にアートボードを合わせて下さい 

IllustratorCS・CS2 で EPS あるいはPSD 形式のファイルをリンクしている状態で、PDF 形式で保存すると画像が分割され、画像間に割れ線が入ってしまいます。( 特にEPS 形式ではこの状態が顕著です） 

IllustratorCS・CS2 でEPS あるいはPSD 形式のファイルをリンクしている場合は必ずリンク画像を埋め込みして頂きPDF データに保存してください。